Суть
Ваш проект не пишется с нуля — он собирается из готовых частей
Любое современное веб-приложение использует чужой готовый код. Этот чужой код называется зависимостью (dependency) — потому что ваш проект «зависит» от него: без этого кода он не заработает.
Зависимости — это пакеты (packages): готовые библиотеки для работы с датами, компоненты интерфейса, инструменты авторизации и тысячи других вещей. Их публикуют и берут из единого каталога — npm1 (менеджер и каталог пакетов для Node.js и JavaScript). Команда npm install имя-пакета скачивает пакет из этого каталога в ваш проект.
Все скачанные пакеты попадают в папку node_modules — она может весить сотни мегабайт и содержать тысячи файлов. Именно поэтому её никогда не кладут в гит: она восстанавливается автоматически по описи проекта.
Этой описью является package.json — текстовый файл в корне проекта. В нём записано: какие пакеты нужны и какую именно версию каждого из них брать. По package.json любой разработчик (или агент на новом компьютере) может одной командой восстановить ровно тот же набор зависимостей.
У каждого пакета есть версия — номер вида 4.2.1. Новые версии добавляют возможности и чинят ошибки, но обновление иногда ломает совместимость — отсюда «конфликт версий». Поэтому агент не обновляет пакеты без причины, а вы можете попросить его проверить риски перед обновлением.
Отдельная тема — безопасность2: в чужом коде иногда находят уязвимости. Их закрывают новой версией пакета. Именно поэтому «обнови зависимости» может быть не просто улучшением, а патчем безопасности.
📌 Правило: node_modules нет в гите. Если вы клонируете проект и что-то не запускается — первым делом выполните npm install (или pnpm install). Это скачает все зависимости по package.json.